Leider finden die Programme at32program.exe, stk500.exe oder jtagicemkii.exe das JTAGICE3 nicht.
Da ich eigentlich immer gerne ein kleines batch tool zur Programmierung von Baugruppen mache (dort sind einfach schon mal die Fuses, Lockbits und das Hexfile mit drin und ich muss das ganze nur einmal Starten..). War bislang das JTAGICE3 leider nicht für die Commandline Programmierung möglich.
Seit dem AVR Studio5 gibt es nun ein neues Program "atprogram.exe".
Dieses befindet sich unter ..\Atmel\AVR Studio 5.1\avrdbg\atprogram.exe.
Theoretisch sollte der Pfad aber auch in die Systemvariable %path% schon eingetragen sein und somit kann man das Programm direkt aus der Commandprompt aus aufrufen: 
Leider ist es nicht einfach austauschbar, weder mit der stk500.exe noch mit der jtagicemkii.exe oder at32program.exe .. der Befehlssatz ist leider komplett anderst.
Eine Hilfe hierfür ist schon mal ein "atprogram -?". Hier wird die ganze hilfe schon mal auf die Promt geschrieben ...
Neben den "Options" (dies sind Einstellungen für den Programmer & die Ausgabe auf dem Bildschrim) gibt es "Commands" diese sind zum Programmieren / Verify / Erase ...
Details hierzu gibt es mit "atprogram help <command>" also z.B. "atprogram help write".
Ein Befehl um z.b. einen Atmega164 zu programmieren könnte so aussehen.
C:\>atprogram -t jtagice3 -i isp -d atmega164p chiperase program --verify -fl --format hex -f _V0_0_08.hex write --verify -fs --values D2D1FD write --verify -lb --values FC
Chiperase completed successfully
Verification of write OK
Write completed sucessfully.
Verification of write OK
Write completed sucessfully.
So hier wurde nun ein Chiperase durchgeführt, das Flash Programmiert, die Fuses sowie das Lockbit ...
Um z.B. nur die Fuses zu ...
schreiben:
C:\>atprogram -t jtagice3 -i isp -d atmega164p write --verify -fs --values D2D1FD
Verification of write OK
Write completed sucessfully.
lesen :
C:\>atprogram -t jtagice3 -i isp -d atmega164p read -fs
:03000000D2D1FD5D
:00000001FF
Original 
woraus hier ersichtlich ist, dass beim Read erst das Low dann das High und dann das Extended Byte kommt.
Um die Signatur zu lesen :
C:\>atprogram -t jtagice3 -i isp -d atmega164p read -sg
:030000001E940A41
:00000001FF
Original 
... ja und so weiter ... ich denke ab jetzt kommt jeder selbst dahinter wie es geht :). Es mag sein, dass oben eventuell ein paar befehle zuviel sind, jedoch bin ich mir so sicher, dass sie auch alle so ausgeführt werden wie ich sie möchte.